مرکز آموزش عالی استهبان در بهمن ماه  سال 1390 با پذیرش دانشجویان رشته مهندسی عمران شروع به کار نموده و از سالهای 1392و1393 به بعد در رشته های علوم پایه (زیست شناسی سلولی- ملکولی، فیزیک و شیمی ) جذب دانشجو داشته است. هدف از تأسیس این مرکز، توسعه و گسترش آموزش، تولید و ترویج علم، ارتقای پژوهش‌های کاربردی و بنیادی، و تقویت و تعالی اخلاقی، فرهنگی و اجتماعی جامعه دانشگاهی، مبتنی بر اصول و ارزش‌های والای اسلامی است. یکی از اولویت های مهم این مرکز، از زمان تاسیس تاکنون، حفظ کیفیت آموزشی و فراهم کردن امکانات آزمایشگاهی مناسب بوده که آمار قبولی دانشجویان در مقطع کارشناسی ارشد و جذب آنها در بازار کار نشان دهنده این امر است.

پیرو بازدید میدانی معاونت محترم پژوهشی وقت وزارت عتف (جناب آقای دکتر رحیمی شعرباف) از مرکز آموزش عالی استهبان با موضوع ساماندهی مؤسسات آموزش عالی، مطابق نامه ای در  مورخ 1400/1/28 وزارت محترم علوم، تحقیقات و فناوری، ارتقاء کیفی و توسعه کمی رشته های علوم پایه مصوب گردید و در سال 1401 این مرکز با عنوان " دانشگاه شیراز-مرکز آموزش عالی استهبان" به دانشگاه شیراز الحاق گردید.